Flying Shy Guys son Shy Guys que tienen hélices en la cabeza. También son conocidos como Fly Guys. Son parecidos a Fly Guys. Ellos aparecieron por primera vez en Yoshi´s Island. Llevan fruta. Pueden ser derrotados como cualquier otro Shy Guy, a excepción del Flying Black Shy Guy. También aparecen en la etapa Yoshi's Story.
En Super Mario World 2 Yoshi´s Island cuando se acaba el tiempo, los Fly Guys o Flying Shy Guys se llevan a Bebé Mario volando.